Afin de se préparer aux nouvelles obligations de la facturation électronique qui arrive dès 2026, l’Ordre des experts-comptables a préparé un guide s’adressant aux professionnels de santé, qu’ils soient en libéral classique ou micro-entrepreneurs.
Dates clés et obligations
Deux dates principales sont à retenir pour la mise en œuvre de la facturation électronique :
- 1er septembre 2026 : À partir de cette date, vous devez être en mesure de recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs sur une Plateforme Agréée (PA) par l’État,. Le choix d’une PA est également obligatoire avant cette échéance si vous facturez des entreprises ou d’autres professionnels médicaux.
- 1er septembre 2027 : Vous devez émettre toutes vos factures au format électronique et transmettre les données de ventes à l’administration via votre plateforme.
Ce qui change selon le type d’actes
La nouvelle réglementation distingue les types d’actes pour déterminer l’obligation de facturation électronique :
- Actes remboursés (article 261-4 du CGI) : Aucun changement. La facturation électronique n’est pas requise. Il faut continuer les pratiques actuelles.
- Actes hors nomenclature :
- Clients entreprises : La facturation électronique est obligatoire et doit transiter par une Plateforme Agréée (PA). De plus, vous devrez déclarer l’encaissement (le paiement reçu) sur cette plateforme.
- Clients particuliers : Vous devez déclarer vos recettes à l’administration, soit par saisie manuelle, soit automatiquement selon votre logiciel.
- Facturation entre professionnels médicaux : Pour les contrats de remplacement ou de collaboration libérale, la facturation électronique est obligatoire.
Si vous recevez un acompte pour un acte hors nomenclature, vous devez d’abord émettre une facture d’acompte indiquant les montants HT et TVA, puis une facture de solde faisant référence à la facture d’acompte initiale.
Étapes de préparation recommandées
Pour préparer votre cabinet, plusieurs actions sont nécessaires :
- Identifiez vos actes hors nomenclature : Listez tous vos actes non remboursés et estimez le volume de factures destinées aux entreprises.
- Vérifiez votre système de facturation : Contactez l’éditeur de votre logiciel pour demander la mise à jour permettant la « facturation électronique », et parlez-en à votre expert-comptable.
- Choisissez votre Plateforme Agréée (PA) : Il est conseillé de comparer au moins trois offres basées sur le prix, la simplicité et l’assistance. Privilégiez une plateforme « tout-en-un » gérant à la fois la réception et l’émission. Votre expert-comptable est un partenaire de confiance pour vous conseiller dans ce choix.
- Formez votre personnel administratif : Prévoyez environ 2 heures de formation par personne et créez un mémo simple pour le secrétariat.
- Testez votre système : Réalisez des essais, si possible avec votre expert-comptable, avant l’été 2026 pour vous assurer que tout fonctionne correctement avant l’échéance.
Avantages du changement
Le passage à l’électronique vise à remplacer les processus manuels de gestion de factures qui nécessitaient auparavant le classement papier, l’envoi manuel à l’expert-comptable, et engendraient un risque d’erreurs et une perte de temps.
Après la transition, le professionnel bénéficiera d’une automatisation totale. La facture est envoyée automatiquement, le suivi se fait en temps réel, et l’archivage est automatique. Ceci permet un gain de temps, moins d’erreurs et une transmission directe à l’expert-comptable.
L’expert-comptable peut vous accompagner dans le choix de la solution, la formation du personnel et l’assurance que les démarches sont prêtes à temps.

